Dieses Problem hatte ich vor kurzem, und konnte es natürlich recht einfach lösen.
Im Phpmyadmin/SQL ausführen:
DELETE FROM menu_links WHERE module = 'system'
Und dann den Cache unter "/admin/config/development/performance" löschen.
Background: Dieser Fehler scheint aufzutreten, wenn die System-Menüs unter Drupal6 verändert worden sind.
Nachteil: Eventuell selbst angepasste Menüeinträge müssen neu erstellt werden (allerdings bleiben Menüeinträge, die zum Beispiel auf angelegte Seiten zeigen, erhalten).